准确、规范地著录参考文献是对其他作者付出的劳动创作成果的肯定和著作权益的保护， 也有利于读者对相关文献资料的追踪检索， 但目前学术期刊论文在著录参考文献方面仍存在着这样那样的问题， 主要有以下几种情况。
1.著录项标注不统一或不完整
比如文献类型标志，在抽取的调查样本刊物中，有1家根本不标注文献类型标志， 其他标注文献类型标志的又很混乱，留下许多疑问，如会议论文集和论文集标[C]还是[M]、不同类型电子文献该怎么标注、析出文献与原文献的文献类型标志是都标呢还是只标一个、汇编和参考工具两类文献怎么标注、1911 年以前出版的古籍怎么标注，这些都存在着前后标准不统一、不同规范相互抵牾的情况。再如期刊文章作参考文献是否必须标注起止页码？ 在笔者统计的20 家期刊中，9 家不标注起止页码，另外11 家标注起止页码的情况又有不同，有的都标在文后参考文献里，有的不是标起止页码，而是只标注引用页码。另外，普通图书、期刊的卷别或版别，报纸文献的版别，出版社或学位论文责任单位前出版地的标注， 电子文献发表或更新日期及引用日期的标注等也都存在不统一之处。
2.项目顺序错误
按照一般规范，文献主要责任者（如作者、主编）应列在参考文献最前面， 其他责任者（如辑校者、译者、注者）应置于文献类型标志之后，可常常有稿件将之置于主要责任者之后； 另外还有的稿件受作者-出版年制文献标注法影响，把出版年直接置于主要责任者之后的。
3.标点符号标注混乱
参考文献各项目的著录顺序、使用的标点和符号均有检索方面的意义，不能随意标注。许多投稿者标注两个以上文献责任者时中间应该用“，”却用了“、”，文后参考文献外国人名的姓和名之间不该加下圆点“．”而加了，普通图书出版者与出版年之间应该用“，”却用了“．”号。而在统计的20 种期刊中，普通图书出版年与页码间有18 家按规范用“：”，但也有2 家用了“．”；期刊出版年与期数之间，14 家不加“，”，6 家加“，”，有3家则是标卷号的加，不标卷号的不加。期刊名、文献题名后如标注版别或集（辑）、册信息，大部分用括号界定，也有用冒号“：”隔开，等等，可谓五花八门。
4.参考文献在正文中的标注不统一
文后参考文献是文中引述部分的对应标注， 然而不仅文后参考文献标注问题多多，文中标注也“乱象丛生”。比如文中参考文献序号的位置问题，20 家期刊中，把序号放在标点符号前的有13 家，放在标点符号与下句之间的有7 家；序号上标后加页码，有的带字母p，有的不带，有的标为“[1]P1”有的标为“[1](P1)”。再比如一篇文章多次引用同一文献， 大部分是在正文中用同一序号分次标注不同页码， 但也有作者每次引用标注不同序号的；单次引用某文献，页码有标文中序号后的，也有标在文后参考文献里的。
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